Zamieszczam plik BLASTN.txt, wszyscy dostaliście go na email, ale co tam.
BLASTN.TXT
>1 ggcggggcctgcttctcctcagcttcaggcggctgcgacgagccctcaggcgaacctctcggctttcccgcgcggcgccgcctcttg ctgcgcctccgcctcctcctctgctccgccaccggcttcctcctcctgagcagtcagcccgcgcgccggccggctccgttatggcgac ccgcagccctggcgtcgtgattagtgatgatgaaccaggttatgaccttgatttattttgcatacctaatcattatgctgaggatttggaaag ggtgtttattcctcatggactaattatggacaggactgaacgtcttgctcgagatgtgatgaaggagatgggaggccatcacattgtagc cctctgtgtgctcaaggggggctataaattctttgctgacctgctggattacatcaaagcactgaatagaaatagtgatagatccattccta tgactgtagattttatcagactgaagagctattgtaatgaccagtcaacaggggacataaaagtaattggtggagatgatctctcaacttta actggaaagaatgtcttgattgtggaagatataattgacactggcaaaacaatgcagactttgctttccttggtcaggcagtataatccaaa gatggtcaaggtcgcaagcttgctggtgaaaaggaccccacgaagtgttggatataagccagactttgttggatttgaaattccagacaa gtttgttgtaggatatgcccttgactataatgaatacttcagggatttgaatcatgtttgtgtcattagtgaaactggaaaagcaaaatacaaa gcctaagatgagagttcaagttgagtttggaaacatctggagtcctattgacatcgccagtaaaattatcaatgttctagttctgtggccatc tgcttagtagagctttttgcatgtatcttctaagaattttatctgttttgtactttagaaatgtcagttgctgcattcctaaactgtttatttgcactat gagcctatagactatcagttccctttgggcggattgttgtttaacttgtaaatgaaaaaattctcttaaaccacagcactattgagtgaaacat tgaactcatatctgtaagaaataaagagaagatatattagttttttaattggtattttaatttttatatatgcaggaaagaatagaagtgattgaa tattgttaattataccaccgtgtgttagaaaagtaagaagcagtcaattttcacatcaaagacagcatctaagaagttttgttctgtcctggaa ttattttagtagtgtttcagtaatgttgactgtattttccaacttgttcaaattattaccagtgaatctttgtcagcagttcccttttaaatgcaaatc aataaattcccaaaaatttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa >2 gcggccgcaccccccggccgggccgtgcttctgcccctacaaggtttgggccgaggtgggggagggtcctggttgccggccccgc ccggtccctccccgccttttaggcgcccgcgtggccgggacgtcccagtcccgctccgtcctcctcgcctgccaccggtgcacccagt ccgctcacccagcccagtccgtccggtcctcaccgcctgccggccggcccaccccccaccgcagccatggacgccatcaagaaga agatgcagatgctgaagctggacaaggagaacgccatcgaccgcgccgagcaggccgaagccgacaagaagcaagctgaggac cgctgcaagcagctggaggaggagcagcaggccctccagaagaagctgaaggggacagaggatgaggtggaaaagtattctgaat ccgtgaaggaggcccaggagaaactggagcaggccgagaagaaggccactgatgctgaggcagatgtggcctccctgaaccgcc gcattcagctggttgaggaggagctggaccgggcccaggagcgcctggctacagccctgcagaagctggaggaggccgagaagg cggctgatgagagcgagagaggaatgaaggtcatcgaaaaccgggccatgaaggatgaggagaagatggaactgcaggagatgc agctgaaggaggccaagcacatcgctgaggattcagaccgcaaatatgaagaggtggccaggaagctggtgatcctggaaggaga gctggagcgctcggaggagagggctgaggtggccgagagtaaatgtggggacctagaggaggagctgaaaattgttaccaacaact tgaaatccctggaggcccaggcggacaagtattccaccaaagaagataaatatgaagaggagatcaaactgttggaggagaagctga aggaggctgagacccgagcagagtttgccgagaggtctgtggcaaagttggagaaaaccatcgatgacctagaagatgaagtctatg cccagaagatgaagtacaaggccattagcgaggaactggacaacgcactcaatgacatcacctccctctgagccccacgccagcgtg gccacctcagctctcttctctcctctcctttccattctctctatggggaggggagcaggcaggaggagcagaaattgccaacattgcaca gccaggctgggagcagcctagggagagcccccatcatgcccaccacccactctggcactggcttcatcctttacctatccccttccacc ctcctttgctgcttaataaattctgaacttggtctcca >3 ccaccgcagcggacagcgccaagtgaagcctcgcttcccctccgcggcgaccagggcccgagccgagagtagcagttgtagctac ccgcccagaaactagacacaatgtgcgacgaagacgagaccaccgccctcgtgtgcgacaatggctccggcctggtgaaagccgg cttcgccggggatgacgcccctagggccgtgttcccgtccatcgtgggccgcccccgacaccagggcgtcatggtcggtatgggtca gaaagattcctacgtgggcgacgaggctcagagcaagagaggtatcctgaccctgaagtaccctatcgagcacggcatcatcaccaa ctgggatgacatggagaagatctggcaccacaccttctacaacgagcttcgcgtggctcccgaggagcaccccaccctgctcaccga ggcccccctcaatcccaaggccaaccgcgagaagatgacccagatcatgtttgagaccttcaacgtgcccgccatgtacgtggccatc caggccgtgctgtccctctacgcctccggcaggaccaccggcatcgtgctggactccggcgacggcgtcacccacaacgtgcccat ttatgagggctacgcgctgccgcacgccatcatgcgcctggacctggcgggccgcgatctcaccgactacctgatgaagatcctcact gagcgtggctactccttcgtgaccacagctgagcgcgagatcgtgcgcgacatcaaggagaagctgtgctacgtggccctggacttc gagaacgagatggcgacggccgcctcctcctcctccctggaaaagagctacgagctgccagacgggcaggtcatcaccatcggcaa cgagcgcttccgctgcccggagacgctcttccagccctccttcatcggtatggagtcggcgggcattcacgagaccacctacaacagc atcatgaagtgtgacatcgacatcaggaaggacctgtatgccaacaacgtcatgtcggggggcaccacgatgtaccctgggatcgctg accgcatgcagaaagagatcaccgcgctggcacccagcaccatgaagatcaagatcatcgccccgccggagcgcaaatactcggtg tggatcggcggctccatcctggcctcgctgtccaccttccagcagatgtggatcaccaagcaggagtacgacgaggccggcccttcc atcgtccaccgcaaatgcttctagacacactccacctccagcacgcgacttctcaggacgacgaatcttctcaatgggggggcggctg agctccagccaccccgcagtcactttctttgtaacaacttccgttgctgccatcgtaaactgacacagtgtttataacgtgtacatacattaa cttattacctcattttgttatttttcgaaacaaagccctgtggaagaaaatggaaaacttgaagaagcattaaagtcattctgttaagctgcgt aaaaaaaaaaaaaaaaaaa >4 tggattgaaagcttagcctggtaaactattcccagctaaatggcatacgacgcatattaaacccacatccgagattaagatgcctattagg ctttcaccgagcgctagaagattgataatgctccccccattaatggttgatttatcaatgattaaggggagttgtgagctaatgattaaccct tggctaccgagtagattaattagacccatgagtagtttcgcattgatggagagtag >5 cctgcgtggctgggctgctcgggttagatcgtcaggaaaagcctaaagattagactgtaagaaaagaaaatagaagccatgtttcgaa gacctgtattacaggtacttcgtcagtttgtaagacatgagtccgaaacaactaccagtttggttcttgaaagatccctgaatcgtgtgcac ttacttgggcgagtgggtcaggaccctgtcttgagacaggtggaaggaaaaaatccagtcacaatattttctctagcaactaatgagatg tggcgatcaggggatagtgaagtttaccaactgggtgatgtcagtcaaaagacaacatggcacagaatatcagtattccggccaggcct cagagacgtggcatatcaatatgtgaaaaaggggtctcgaatttatttggaagggaaaatagactatggtgaatacatggataaaaataa tgtgaggcgacaagcaacaacaatcatagctgataatattatatttctgagtgaccagacgaaagagaaggagtagaaaggatgattctt ctttggccatcatttggtacagtctcatttccaagtcatgtataatctttatggcttccaaggacaagaattaaaatactcttttacgt
Ostatnio edytowany przez Wiktor (2010-10-19 17:13:25)
Offline
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi … =BlastHome podaję link do strony, która rozkminia ten plik. niestety, otrzymałam jakieś kosmiczne wyniki i ja ich nie ogarniam. może będziecie mieli więcej szczęścia
Offline
mi się udało jedynie odnaleść, że jest to kod kwasu nukleinowego, konkretniej nazywa się on chyba fosforybozylotransferaza hipoksantynowo-guaninowa (http://pl.wikipedia.org/wiki/Fosforyboz … -guaninowa). z wikipedii można odczytać, że jest to enzym do odzyskiwania puryny ze zdegradowanego DNA.
ponadto program wypisuje, że jest to mRNA, co wydaje się dość dziwne ze względu na obecność tyminy w kodzie. wypisuje też, że kod ma długość 1435. nic więcej na razie nie widzę, ale ciągle czegoś szukam.
Offline
Chyba muszę Wam podpowiedzieć, że każdą sekwencję (1,2,3,4,5) trzeba traktować osobno.
Grzesiek stwierdził, że któraś sekwencja odpowiada sekwencji genu HPRT - to jest pierwsza sekwencja - O.K., to jest to. Co z kolejnymi?
Grzesiek, to że w sekwencji pisze, że jest mRNA, a widzisz tyminy, to jest to skrót myślowy osoby, która dodawała sekwencję do bazy danych - chciała w ten sposób dać znać do zrozumienia, że podana sekwencja jest odpowiednikiem mRNA, bo nie zawiera intronów.
Gosia
Offline
ok, idąc tym tropem, sprawdziłam 2 sekwencję. też jest to kwas nukleinowy. dokładnie cDNA, czyli DNA uzyskany przez odwrotną transkrypcję na matrycy mRNA uzyskanego z kom. wklejam link - http://pl.wikipedia.org/wiki/CDNA prawdobodobnie należy do bydła domowego (bos taurus) , makaka jawajskiego (Macaca fascicularis), bo takie nazwy się tam pojawiały
Offline
Jakbyś szukała w bazie DNA ludzkiego (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi … =blasthome) to znalazłabyś, że sekwencja jest 100% identyczna z genem kodującym tropomiozynę ludzką. To, że znalazłaś podobieństwo do makaka i krowy ;-) to nie jest nic dziwnego, ostatecznie ludzie są spokrewnieni z innymi zwierzętami ;-)
Moje pytanie do Was (gdzie się podziewa reszta śledczych?), a zarazem podpowiedź:
1. Co z resztą sekwencji (mamy już pierwszą i drugą)? Czy wszystkie sekwencje znajdują swoje odpowiedniki w bazie danych?
2. Co to znaczy, że sekwencja koduje?
Gosia
Offline
O.K. Podsumujmy:
1. Sekwencja 1 koduje gen HPRT, 2 - tropomiozynę, 3- aktynę, 5-białko wiążące jednoniciowe DNA
2. Sekwencja nr 4 nie koduje niczego (przynajmniej jak ja ją wrzucam do programu, to oddaje mi, że "no significant similarities found").
Proponuję się skupić na sekwencji 4. Skoro nie jest podobna do niczego w bazie danych, to może jest w niej zakodowana jakaś informacja od Wiesława Tipsa.
Gosia
Offline